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Ich hatte das Problem auch und hab die Artikel einfach neu eingestellt. Bei mir waren es aber auch nur ein paar da ich die 7.3 einen Tag hab laufen lassen bis wir das Problem bemerkt hatten.
Ein Komplettabgleich der Artikel sollte aber das Problem auch lösen denke ich.
Das Problem wurde im Shop v4.06-12 behoben. EIn Update auf diese oder neuere Version, gefolgt von einem Komplettabgleich, stellt die SEO-Links vollständig wiederher.