Klingt so, als wäre in der config.JTL-
Shop.ini.php noch
define('KEEP_SYNC_FILES', true);
gesetzt (Shop4)?
Mit dieser Zeile werden die temporären Shopdateien nicht gelöscht. Wird gern zu Debugging-Zwecken aktiviert und dann vergessen, wieder zu deaktivieren :/
//edit: Ups, gerade gelesen, dass das Problem bereits erledigt ist - dann ist ja alles gut