In der Wawi gibt es da keine Einstellung und soweit ich weiß, öffnet Windows ein neues Fenster immer auf dem letzten aktiven Bildschirm. Man kann Programme auch auf den Hauptmonitor "festnageln", dann gehen neue Fenster immer auf diesem Monitor auf. Funktioniert bei mir aber nicht bei allen Programmen.
Das ganze wird mit kommenden Versionen aber besser. Ab Version 1.4.x kann man z.B. das Kundenmodul der Wawi "abdocken" und auf einen anderen Monitor ziehen.