OK, nun habe ich endlich eine Antwort von dem Support erhalten, also falls es noch jemanden anderen interessiert.
UPC ist zwar in JTL POS integriert, wird aber aktuell immer noch nicht von der Wawi übertragen.
Alternative wäre PLU als Attribit in Wawi zu hinterlegen, dieser wird dann an die Kasse übertragen und kann auch gescannt werden, aber hier muss man das auch manuell machen, weil es bei der Ameise auch Probleme gibt Attributwerte ind die JTL POS einzulesen.
Also aktueller Status: Nur möglich, manuell die zweite EAN als PLU Attribut einzutragen.