Hallo gnarx,
möglicherweise hast Du die Übertragung nicht auf "binär" eingestellt;
Ist mir bei der Installation auch durchgerutscht, ich hatte ziemlich genau dieselbe Anzahl an modifizierten Dateien.
Ich habe dann einfach die Daten binär übertragen, dann waren keine Auffälligkeiten mehr vorhanden.
Vielleicht hilft's ..
Viele Grüße
Stephan