Ich würde davon abraten, das manuell über die Datenbank zu machen, da es hier eine Menge an Verknüpfungen in anderen Tabellen gibt.
Wenn da verwaiste Kategorien sind, weil die in der z.B.: WAWI gelöscht wurden, dann wäre ein kompl. Abgleich, nachdem die Artikel/Kategorien im Shop zurückgesetzt wurden, der bessere Weg.