Ist das MySQL auch vernünftig konfiguriert?
Von außen ist das schwer zu beurteilen, man müsste ich mal den SQL Query nehmen der da abgesetzt wird und direkt schauen was da passiert, MySQL kann auch ein slowlog anlegen in dem dann die einzelnen Abragen stehen die zu lange brauchten, außerdem würde ich mal mit mysqltuner oder ähnlichem schauen ob MySQL optimal eingestellt ist.
Von außen ist das schwer zu beurteilen, man müsste ich mal den SQL Query nehmen der da abgesetzt wird und direkt schauen was da passiert, MySQL kann auch ein slowlog anlegen in dem dann die einzelnen Abragen stehen die zu lange brauchten, außerdem würde ich mal mit mysqltuner oder ähnlichem schauen ob MySQL optimal eingestellt ist.