Diese Antwort vom JTL-Support hat mir weitergeholfen:
"Die Übertragung der Sendungsnummer kann bei Amazon nur einmal erfolgen. Wird der Versand einmal gemeldet, ist eine Änderung aus
JTL-Wawi heraus nicht mehr möglich. Es gibt 2 Stellen, die für die Übertragung verantwortlich sind. Zum einen muss in der Versandart unter Versand -> Versandarten den Carriercode für den Versanddienstleister hinterlegen. Zum anderen muss der Auslieferungsprozess konfiguriert werden. Wenn im Auslieferungsprozess unter den Erweiterten Optionen der Haken für Versanddatum setzen gesetzt ist, kann es vorkommen, dass der Versand an Amazon gemeldet wird, bevor sich das Label im Speicher von JTL-Wawi befindet. Hier müssten Sie den Haken herausnehmen, dann wird der Versand erst gemeldet, wenn das Label erfolgreich erzeugt und im Speicher von JTL-Wawi vorhanden ist. Prüfen können Sie Fälle im JTL-Wawi-
Logbuch unter Admin -> JTL-Wawi-Logbuch. Wenn Sie dort nach einem Auftrag suchen, sehen Sie wann die Meldung an Amazon geschah und ob die Sendungsnummer bei der ersten Meldung vorhanden war."
Der Haken beim Versanddatum war das Problem, Thema gelöst.
Danke!