Das ist wegen der Drittanbieterlibs. Die sind nicht mit im repository, sondern werden über composer install beim bauen des Shops 'installiert'. Da die nicht im repository sind, kann man nicht (so ohne weiteres) vergleichen welche Dateien sich da seit dem letzten Mal verändert haben. Ergo wird der immer komplett ausgeliefert. Ich versteh das Problem dahingehend aber eigentlich auch nie. Hochladen, entpacken, fertig. Kann man auch das komplette Release.
Über composer install per shell-zugriff die vendor libs auf den benötigten Versionen zu halten möchte man sich als Händler in der Regel noch weniger antun.