Ich konnte den Fehler beheben und den Worker zum Starten bringen, indem ich folgende Schritte vorgenommen habe:
Win+R, certmgr.msc öffnen, unter Vertrauenswürdige Stammzertifizierungsstellen per Rechtsklick importieren und das Zertifikat auswählen, fertig.
Ich habe das Zertifikat vom SQL Server genommen, somit hat der Worker gestartet. Allerdings führt er trotzdem keinen Abgleich der Shops durch, es wird lediglich folgendes angezeigt:
Status: Wird gestartet Status: Erfolgreich beendet
Es werden keinerlei Bestellungen oder sonstige Daten geladen.
Nachtrag: Wir verwenden keinen eComData Server, wir haben selbst einen dedizierten Server bei IONOS, weshalb wir uns das Zertifikat selbst erstellen konnten.
Nochmals ein Nachtrag, ich konnte zwar auf dem Server keinen Worker Abgleich durchführen, aber diese Methode hat zumindest auf dem heimischen Rechner funktioniert. Es ist das gleiche Zertifikat, aber von zuhause läuft es über die öffentliche Adresse, während es auf dem Server die Netzwerkadresse war. Nicht optimal, aber besser als nichts.