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Der Canonical Tag scheint nur bei Variationsartikel erzeugt zu werden. Auf Unterseiten wie Etwa Kategoriename_s2 etc. fehlt er hingegen. Das Problem was hierdurch auftritt sind doppelte Meta- und Title-Angaben die Google ankreidet.
Das Problem ist schon lange bekannt. Bei dem Umstieg von 3.18 .... auf die Version 3.19 hatte ich das bereits schon mal angesprochen. Bis heute gibt es dazu keine Rückmeldung.