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Da gab es mal ein Ticket dazu, aber das sollte seit der 1.4 korrekt funktionieren.
Wenn es bei dir mit einer aktuelleren Version nicht klappt, dann bitte mal mit dem Support zusammen drüber schauen.
Grunpreise im Angebotstitel können über das Kontextmenü (rechte Maustaste) mit der FUnktion "Grundpreis aus dem Angebotstitel löschen" entfernt werden.
Grundpreise aus den Merkmalen können nur über die Funktion "Hinterlegte eBay Merkmale löschen und Artikelmerkmale neu hinzufügen" aus der Vorlage gelöscht und aus dem Artikel neu gezogen werden. Hiervon sind dann aber alle Merkmale betroffen und nicht nur der Grundpreis. Sollten somit in der Vorlage Merkmale hinterlegt worden sein, die in den Artikeln nicht gepflegt wurden, dann gehen diese verloren.