Grundsätzlich zu deiner Frage: Nein, die SKUs in ebay müssen nicht zwingend mit der Artikelnummer übereinstimmen. Es ist aber natürlich von Vorteil, weil das Matching dann in der Regel automatisch funktioniert und keine Nacharbeit nötig ist.
Wenn sich die SKUs von Artikelnummern unterscheiden, kann man einzelne Artikel entweder selbst matchen, oder mehrere gleichzeitig per CSV