Du kannst es am besten mit deinem Steuerberater absprechen, ob eine einfache Rückzahlung des zu viel gezahlten Geldes ok ist und du den Auftrag dann anpassen darfst/kannst.
Die saubere Variante wäre: Rechnung erstellen, Rechnungskorrektur erstellen, Rückzahlen, Auftrag ausliefern.