Wenn jtl in der cloud läuft und man nur mit einem client auf die Datenbank zugreift, so ist das eine Datentransferorgie und entsprechend langsam.
Beim Abgleich von größeren Datenmengen nutze ich den Remote-Zugang zur serverseitigen JTL-Installation. Geht dann rasend schnell.
Vielleicht schaust mal, welche Konstellation du am Laufen hast, welche Optionen dir dein Hoster anbietet.
Bei lokaler DB und JTL läuft das eigentlich sonst ganz gut.