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Je nachdem bei welchem Hoster du bist, macht der für dich die Backups.
Bei der WAWI ist es ähnlich, es sei denn die ist bei dir local, dann kannst du das über den SQL Server selbst automatisieren oder verwendest Tools wie SQLBackupFTP
Ich bin bei Timmehosting (damit übrigens SEHR zufrieden) und da wird das alle paar Stunden automatisch gemacht. Kann man sich jederzeit runterladen. Kann man aber auch jederzeit manuell anstossen und was mir besonders wichtig ist, per Mausklick auch sofort wieder das letzte Backup wiederherstellen. Ich setze also den Shop in den Wartungsmodus, mache dann manuell Backup von SQL und Dateien, führe das Shopupdate durch und gut ist. Sollte es da Probleme geben hat man mit 2 Klicks wieder den alten Stand.